Es uno de los dos instrumentos que conforman el Programa Presupuestario del Fomento Regional de las Capacidades Científicas, Tecnológicas y de Innovación, que apoya el desarrollo científico y tecnológico estatal y municipal, a través de un fideicomiso constituido con aportaciones del Gobierno del Estado o Municipios y el Gobierno Federal, a través del CONACYT.

Los objetivos del FOMIX son:

• Permitir a los gobiernos estatales y municipales destinar recursos a investigaciones científicas y a desarrollos tecnológicos, orientados a resolver problemáticas estratégicas, especificadas por el propio estado, con la participación de recursos federales.
• Promover el desarrollo y la consolidación de las capacidades científicas y tecnológicas de los estados y municipios.
• Canalizar recursos para coadyuvar al desarrollo integral de la entidad, mediante acciones científicas y tecnológicas.